戦前から途絶えることなく客船運航を続けてきた商船三井客船のフラッグシップ。姉妹船ふじ丸がチャーターとレジャーの供用を目的に建造されたのに対して、にっぽん丸は質の高いレジャークルーズの提供のために誕生。
　ふじ丸では横に設計されているパブリックスペースを盾に配置し、船員達が理想とする「静かで揺れない船」を実現している。
　エンターテイメントに日本の伝統芸能を取り入れたり、和食ディナーを開発したりと“日本型クルーズ”を確立。大阪商船時代からの伝統を生かしつつ、新たな形態のクルーズを試行錯誤してきたが、その根幹にあったのは“乗船客の声”、和やかな“日本型”の雰囲気は、スタッフと乗船客が創造した独自の世界といえるだろう。
　親会社の商船三井は、戦前から有していた「あるぜんちな丸」を「にっぽん丸（初代）」と改名し、クルーズ事業を続けた。その後1977年に、初代がリタイヤした際、海外から購入したセブンシーズ号を「にっぽん丸（第２代）」と改名、そして1990年に現在の「にっぽん丸」を建造、伝統的な名前を受け継ぎ、第３代となった。
2010年3月に施設とサービスの両面にわたり大幅なグレードアップを図るための大改装を終えて、再デビューした。全室リニューアルした客室には、デラックスベランダとデラックスシングル、スーペリアステートが新たに加わった。「食のにっぽん丸」のさらなる追及のために新設されたオーシャンダイニングでは、ワインセラーを ソムリエの田崎真也氏がプロデュースし、ハウスワインも田崎氏が監修しています。また、テーブルコーディネートの第一人者のクニエダヤスエ氏がテーブルアレンジを担当し、専用屋外デッキやドリンクカウンターを擁するスパ＆サロンは、フランスのプレミアムスパブランド「テケラ」との提携となっています。